Ngành thuế Việt Nam đang bước vào giai đoạn siết chặt hơn trong việc quản lý các giao dịch liên kết - hoạt động thường xuyên diễn ra giữa các doanh nghiệp có quan hệ về vốn, điều hành hoặc kiểm soát. Việc thanh tra và kiểm tra thuế đối với nhóm doanh nghiệp này không chỉ nhằm ngăn ngừa hành vi chuyển giá, thất thu ngân sách mà còn tạo môi trường cạnh tranh công bằng trong đầu tư, đặc biệt sau khi Nghị định 20/2025/NĐ-CP chính thức có hiệu lực.
I. Cơ Sở Pháp Lý Quản Lý Thuế Đối Với Giao Dịch Liên Kết
1. Quá trình hình thành và phát triển khung pháp lý
Từ năm 2017, Chính phủ Việt Nam đã từng bước xây dựng hệ thống văn bản pháp luật để quản lý thuế đối với giao dịch liên kết, qua ba giai đoạn chính:
- Nghị định 20/2017/NĐ-CP (hiệu lực từ 01/5/2017), đặt nền tảng cho việc kiểm soát giá chuyển nhượng.
- Nghị định 132/2020/NĐ-CP (hiệu lực từ kỳ tính thuế 2020), cập nhật cơ chế kê khai và hồ sơ theo thông lệ OECD.
- Nghị định 20/2025/NĐ-CP (hiệu lực từ 27/3/2025), bổ sung nhiều điểm mới phù hợp với thực tế hiện nay.
2. Điểm mới quan trọng của Nghị định 20/2025/NĐ-CP
Nghị định 20/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung các quy định tại Nghị định 132/2020/NĐ-CP, đặc biệt ở Điều 5 liên quan đến các bên có quan hệ liên kết. Theo đó, các khoản vay vốn giữa doanh nghiệp và ngân hàng thương mại sẽ không còn được coi là giao dịch liên kết nếu ngân hàng hoạt động độc lập, không điều hành hay góp vốn vào doanh nghiệp vay.
Điểm thay đổi này giúp doanh nghiệp giảm áp lực tuân thủ khi thực hiện các khoản vay phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh, đồng thời loại trừ những giao dịch tài chính thông thường khỏi phạm vi giao dịch liên kết.
Ngoài ra, Nghị định 20/2025/NĐ-CP cũng quy định trách nhiệm mới cho Ngân hàng Nhà nước Việt Nam: cơ quan này phải phối hợp cung cấp thông tin chi tiết về các khoản vay, lãi suất, kỳ hạn và việc trả nợ của từng doanh nghiệp có giao dịch liên kết khi cơ quan thuế yêu cầu.
Phụ lục I của Nghị định 132/2020/NĐ-CP cũ
II. Nghĩa Vụ Tuân Thủ Của Doanh Nghiệp Có Giao Dịch Liên Kết
1. Trách nhiệm của người nộp thuế
Theo Luật Quản lý thuế 2019 và Nghị định 132/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp có phát sinh giao dịch liên kết phải kê khai, lập và lưu trữ hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết. Hồ sơ bao gồm ba cấp độ:
- Hồ sơ quốc gia (Local File);
- Hồ sơ toàn cầu (Master File);
- Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (Country-by-Country Report - CbCR).
Hồ sơ phải được lập trước thời điểm quyết toán thuế TNDN hằng năm và cung cấp cho cơ quan thuế khi có yêu cầu. Thời hạn cung cấp là 30 ngày làm việc, được phép gia hạn tối đa thêm 15 ngày nếu có lý do chính đáng.
2. Các trường hợp được miễn lập hồ sơ
Doanh nghiệp được miễn lập Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết nếu chỉ phát sinh giao dịch với các bên liên kết tại Việt Nam có cùng mức thuế TNDN và không hưởng ưu đãi thuế, hoặc có quy mô nhỏ (doanh thu dưới 50 tỷ đồng và tổng giá trị giao dịch liên kết dưới 30 tỷ đồng trong năm). Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn phải kê khai thông tin cơ bản về quan hệ liên kết.
3. Xử phạt khi vi phạm nghĩa vụ kê khai
Theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp không nộp hoặc nộp chậm hồ sơ giao dịch liên kết có thể bị phạt từ 8 - 15 triệu đồng, tùy mức độ vi phạm. Nếu hành vi kê khai sai làm thiếu số thuế phải nộp, doanh nghiệp còn bị phạt 20% trên số thuế thiếu và phải nộp bổ sung tiền thuế cùng tiền chậm nộp.
ng được thay thế bằng Phụ lục I mới, yêu cầu chi tiết hơn về thông tin các bên liên kết và bản chất giao dịch, giúp việc quản lý dữ liệu minh bạch và thống nhất.
III. Quy Trình Thanh Tra, Kiểm Tra Thuế Đối Với Giao Dịch Liên Kết
1. Giai đoạn kiểm tra tuân thủ
Cơ quan thuế sẽ rà soát toàn bộ hồ sơ kê khai của doanh nghiệp để đánh giá mức độ tuân thủ, bao gồm việc nộp tờ khai, các phụ lục giao dịch liên kết, tính nhất quán giữa các mẫu và độ đầy đủ của thông tin. Doanh nghiệp chưa từng bị thanh tra trong nhiều năm hoặc có dấu hiệu kê khai lỗ bất thường sẽ là đối tượng được ưu tiên kiểm tra.
2. Đánh giá kết quả kinh doanh và so sánh thị trường
Ở bước tiếp theo, cơ quan thuế phân tích tỷ suất lợi nhuận, doanh thu và các chỉ số tài chính của doanh nghiệp, so sánh với khoảng giá giao dịch độc lập của các doanh nghiệp tương đồng trong ngành (theo nguyên tắc giá thị trường). Nếu doanh nghiệp có lợi nhuận thấp hơn mức trung vị hoặc lỗ liên tiếp, cơ quan thuế có thể tiến hành điều chỉnh lại kết quả kinh doanh để đảm bảo phù hợp với giá giao dịch độc lập.
3. Kiểm tra các giao dịch đặc thù
Các khoản chi phí liên quan đến phí bản quyền, phí dịch vụ nội bộ, phí lãi vay, hay giao dịch tài sản vô hình thường bị kiểm tra kỹ lưỡng. Cơ quan thuế yêu cầu doanh nghiệp chứng minh lợi ích thực tế từ các khoản thanh toán này và đảm bảo rằng giá trị giao dịch phù hợp với giá trị thị trường.
4. Lập biên bản thanh tra và xử lý kết quả
Sau khi hoàn tất, cơ quan thuế sẽ lập biên bản thanh tra. Doanh nghiệp có quyền ghi ý kiến phản hồi nếu không đồng ý với kết luận, đây là cơ sở cho quá trình khiếu nại hoặc đối thoại tiếp theo.
IV. Xu Hướng Thanh Tra Và Kiểm Tra Giao Dịch Liên Kết
1. Đối tượng doanh nghiệp thường bị thanh tra
Cơ quan thuế tập trung vào các nhóm doanh nghiệp có rủi ro cao về chuyển giá, bao gồm:
- Doanh nghiệp FDI hoặc doanh nghiệp có lỗ liên tiếp nhiều năm;
- Doanh nghiệp có tỷ lệ giao dịch liên kết cao so với tổng doanh thu;
- Các ngành đặc thù như sản xuất, xuất nhập khẩu, công nghệ, bất động sản, y tế, giáo dục;
- Doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN, hoặc có hoạt động tại khu công nghiệp, khu chế xuất.
2. Xu hướng quản lý mới
Từ năm 2025, cơ quan thuế tập trung phân tích dữ liệu giao dịch liên kết bằng hệ thống điện tử TMS và cơ sở dữ liệu quốc tế, giúp việc phát hiện dấu hiệu bất thường nhanh chóng hơn. Xu hướng quản lý hiện nay là chuyển từ thanh tra định kỳ sang thanh tra rủi ro dựa trên dữ liệu, đảm bảo minh bạch và tiết kiệm nguồn lực cho cả cơ quan thuế và doanh nghiệp.
V. Chuẩn Bị Và Giảm Thiểu Rủi Ro Cho Doanh Nghiệp
Doanh nghiệp nên chủ động lập kế hoạch quản lý giá giao dịch liên kết hằng năm, thường xuyên đối chiếu với nguyên tắc giá thị trường, lưu trữ hồ sơ minh bạch và cập nhật quy định mới. Trong trường hợp bị thanh tra, doanh nghiệp cần phối hợp cung cấp thông tin đúng thời hạn, giải trình chi tiết và bảo lưu quan điểm hợp lý nếu có tranh chấp.
Kết quả thanh tra, nếu được thực hiện công bằng và minh bạch không chỉ là nghĩa vụ tuân thủ mà còn là cơ sở giúp doanh nghiệp xây dựng chiến lược giá giao dịch hợp lý hơn cho các kỳ sau.
Chương trình thanh tra, kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết năm 2025 thể hiện bước tiến rõ rệt trong việc tăng cường minh bạch tài chính và chống chuyển giá tại Việt Nam. Với sự điều chỉnh của Nghị định 20/2025/NĐ-CP, cơ quan thuế đang hướng tới phương thức quản lý hiện đại, vừa đảm bảo nguồn thu ngân sách, vừa tạo điều kiện cho doanh nghiệp hoạt động đúng pháp luật.
👉 Doanh nghiệp cần nắm vững quy định, chuẩn bị hồ sơ đầy đủ và có chiến lược tuân thủ phù hợp. Nếu cần tư vấn chuyên sâu về giao dịch liên kết, lập hồ sơ xác định giá và hỗ trợ trong quá trình thanh tra thuế, hãy liên hệ Tavitax - đơn vị đồng hành cùng doanh nghiệp trong mọi giai đoạn quản lý thuế.