Thanh Tra Thuế Đối Với Doanh Nghiệp Có Giao Dịch Liên Kết [Cập Nhật Năm 2025]

Giao dịch liên kết là hoạt động phổ biến trong các doanh nghiệp có yếu tố đầu tư nước ngoài, tập đoàn đa quốc gia, hoặc có mối quan hệ điều hành – kiểm soát nội bộ. Tuy nhiên, đây cũng là lĩnh vực có nguy cơ bị thanh tra thuế cao, với nhiều quy định khắt khe về nghĩa vụ kê khai, lập hồ sơ và xác định giá giao dịch.

Trong năm 2025, Chính phủ đã ban hành Nghị định 20/2025/NĐ-CP với hàng loạt cập nhật quan trọng. Bài viết này tổng hợp những điểm cần lưu ý, nghĩa vụ tuân thủ và các rủi ro doanh nghiệp cần quản trị khi có giao dịch liên kết.\

1. Những cập nhật nổi bật trong Nghị định 20/2025/NĐ-CP:

• Loại trừ giao dịch vay vốn với ngân hàng khỏi định nghĩa “liên kết”: Nếu doanh nghiệp chỉ vay vốn từ tổ chức tín dụng và không có quan hệ điều hành, kiểm soát, góp vốn thì không bị coi là giao dịch liên kết nữa.
• Ngân hàng Nhà nước có trách nhiệm cung cấp thông tin vay – trả nợ, người liên quan cho cơ quan thuế, khi có yêu cầu.
• Thay thế Phụ lục I về thông tin giao dịch liên kết, áp dụng từ kỳ tính thuế TNDN 2024.
• Quy định chuyển tiếp về chi phí lãi vay: Nếu chi phí lãi vay giai đoạn trước không được trừ, doanh nghiệp được phân bổ đều vào các kỳ tiếp theo nếu không còn quan hệ liên kết.

2. So sánh 3 nghị định quản lý giao dịch liên kết

3. Doanh nghiệp cần thực hiện những nghĩa vụ gì?

Doanh nghiệp có giao dịch liên kết bắt buộc:

• Lập – lưu trữ – kê khai – cung cấp Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, gồm:
  • Phụ lục I: Thông tin quan hệ liên kết
  • Hồ sơ quốc gia (Local file)
  • Hồ sơ toàn cầu (Master file)
  • Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (CbCR)

Trường hợp được miễn lập hồ sơ:

• Chỉ giao dịch với bên liên kết trong nước, cùng mức thuế TNDN và không được ưu đãi.
• Doanh thu < 50 tỷ và tổng giá trị giao dịch liên kết < 30 tỷ.
• Doanh nghiệp đơn giản (không sử dụng tài sản vô hình), đạt tỷ suất lợi nhuận tối thiểu:
  • Phân phối: ≥ 5%
  • Sản xuất: ≥ 10%
  • Gia công: ≥ 15%

Thời hạn nộp và cung cấp hồ sơ:

• Cung cấp trong vòng 30 ngày kể từ khi có yêu cầu từ cơ quan thuế (gia hạn thêm 15 ngày nếu có lý do chính đáng).
• Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia: nộp trong vòng 12 tháng sau khi kết thúc năm tài chính.

4. Mức xử phạt nếu vi phạm quy định giao dịch liên kết

• Phạt 8 – 15 triệu đồng nếu không nộp đúng các phụ lục kê khai giao dịch liên kết.
• Phạt 20% số thuế bị khai thiếu nếu khai sai, lập sai hồ sơ liên kết.
• Trường hợp nghiêm trọng, cơ quan thuế có thể ấn định thuế theo tỷ suất lợi nhuận tham chiếu, công ty mẹ hoặc nguồn cơ sở dữ liệu bí mật

5. Quy trình thanh tra thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết

Bước 1: Kiểm tra tính tuân thủ

• Kê khai đủ – đúng hạn – đúng biểu mẫu
• Hồ sơ đầy đủ, nhất quán, rõ phương pháp xác định giá

Bước 2: Kiểm tra kết quả kinh doanh

• So sánh với khoảng giá giao dịch độc lập
• Nếu doanh nghiệp có lợi nhuận thấp bất thường → có thể bị điều chỉnh tăng thuế

Bước 3: Kiểm tra giao dịch đặc thù

• Giao dịch phí bản quyền, phí dịch vụ nội bộ, chi phí lãi vay
• Yêu cầu chứng từ chứng minh tính hợp lý, lợi ích kinh tế thực tế

Bước 4: Lập biên bản thanh tra

• Nếu doanh nghiệp không đồng ý kết luận → có thể phản hồi & bảo lưu ý kiến

6. Doanh nghiệp cần làm gì để giảm thiểu rủi ro khi bị thanh tra giao dịch liên kết?

Để giảm thiểu rủi ro khi bị cơ quan thuế thanh tra về giao dịch liên kết, doanh nghiệp cần chủ động xây dựng kế hoạch kiểm soát và tuân thủ theo ba giai đoạn: trước, trong và sau thanh tra.

Trước thanh tra, doanh nghiệp cần đảm bảo thực hiện đầy đủ nghĩa vụ pháp lý và chuẩn bị đầy đủ hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết. Điều này bao gồm việc rà soát tính hợp lệ, đầy đủ và nhất quán của các phụ lục kê khai, cũng như hoàn thiện hồ sơ quốc gia, hồ sơ toàn cầu (Master File) và Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (CbCR report) nếu thuộc diện áp dụng. Doanh nghiệp cũng nên tự rà soát lại các giao dịch có khả năng bị truy vấn, chủ động điều chỉnh giao dịch chưa phù hợp nguyên tắc giá giao dịch độc lập và cập nhật các xu hướng thanh tra để có kế hoạch chuẩn bị phù hợp.

Trong quá trình thanh tra, doanh nghiệp cần phối hợp đầy đủ với cơ quan thuế, cung cấp hồ sơ đúng hạn, và đặc biệt là xây dựng chiến lược giải trình rõ ràng, logic và bám sát thực tế hoạt động sản xuất – kinh doanh. Việc giải trình cần mang tính chủ động, không chỉ phản hồi mà còn đưa ra lập luận hỗ trợ nhằm chứng minh tính hợp lý và hiệu quả kinh tế thực tế của các giao dịch liên kết đã thực hiện.

Sau khi kết thúc thanh tra, nếu doanh nghiệp đồng thuận với kết luận thanh tra thì nên sử dụng kết quả này làm tham chiếu cho việc lập hồ sơ các kỳ tính thuế tiếp theo. Ngược lại, nếu không đồng thuận, doanh nghiệp cần ghi rõ ý kiến bảo lưu trong biên bản thanh tra và chuẩn bị tài liệu giải trình, hồ sơ chứng minh để phục vụ cho quá trình khiếu nại.

Tóm lại, việc chủ động quản trị rủi ro thuế liên quan đến giao dịch liên kết không chỉ giúp doanh nghiệp tránh được các khoản truy thu và xử phạt, mà còn thể hiện tính minh bạch, chuyên nghiệp trong quản trị tài chính – thuế, đặc biệt trong bối cảnh quản lý thuế ngày càng chặt chẽ và số hóa như hiện nay.