Trong bối cảnh hội nhập và mở rộng đầu tư, ngày càng nhiều doanh nghiệp tại Việt Nam phát sinh các giao dịch liên kết với công ty mẹ, công ty con, hoặc các bên có quan hệ đặc biệt. Việc này làm phát sinh những rủi ro lớn về thuế, đặc biệt là nguy cơ bị điều chỉnh chi phí hoặc truy thu thuế nếu doanh nghiệp không tuân thủ đúng quy định của pháp luật. Bài viết này sẽ trình bày toàn diện các quy định pháp lý mới nhất liên quan đến thanh tra, kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, nhằm giúp doanh nghiệp chủ động tuân thủ và phòng tránh rủi ro pháp lý không đáng có.
1. Những quy định mới nổi bật về giao dịch liên kết trong năm 2025
Từ kỳ tính thuế TNDN năm 2024, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý đến Nghị định 20/2025/NĐ-CP, có hiệu lực từ 27/3/2025. Nghị định này đã sửa đổi, bổ sung nhiều điểm quan trọng trong Nghị định 132/2020/NĐ-CP. Đáng chú ý nhất là quy định về giao dịch vay vốn với ngân hàng, theo đó, nếu khoản vay đến từ tổ chức tín dụng và đáp ứng điều kiện không chịu sự kiểm soát điều hành từ phía doanh nghiệp đi vay, thì khoản vay này sẽ không còn được xem là giao dịch liên kết. Điều này giúp nhiều doanh nghiệp giảm đáng kể áp lực kê khai và loại trừ chi phí lãi vay, vốn trước đây thường bị khống chế khi tính thuế TNDN.
Ngoài ra, Nghị định 20/2025 cũng nêu rõ trách nhiệm của Ngân hàng Nhà nước trong việc phối hợp cung cấp thông tin về các khoản vay, lãi suất, lịch trả nợ… cho cơ quan thuế khi có yêu cầu. Điều này thể hiện sự kết nối dữ liệu ngày càng chặt chẽ giữa các bên quản lý nhằm minh bạch hóa giao dịch tài chính và quản lý thuế.
Một thay đổi đáng lưu ý nữa là việc thay thế Phụ lục I – Thông tin về quan hệ và giao dịch liên kết – theo định dạng mới ban hành kèm theo Nghị định 20/2025/NĐ-CP, yêu cầu doanh nghiệp cần rà soát lại toàn bộ hệ thống báo cáo của mình cho phù hợp.
2. Nghĩa vụ tuân thủ của doanh nghiệp có giao dịch liên kết
Theo Luật Quản lý thuế 2019, doanh nghiệp có phát sinh giao dịch liên kết có nghĩa vụ lập, lưu trữ và cung cấp hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết bao gồm Hồ sơ quốc gia, Hồ sơ toàn cầu và Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia. Hồ sơ này cần thể hiện rõ bản chất giao dịch, nguyên tắc định giá, đối tượng so sánh và các điều chỉnh phân tích theo quy định.
Doanh nghiệp được miễn lập Hồ sơ giao dịch liên kết trong một số trường hợp cụ thể như: chỉ phát sinh giao dịch với bên liên kết trong nước có cùng mức thuế suất và không được ưu đãi; có doanh thu dưới 50 tỷ và giá trị giao dịch liên kết dưới 30 tỷ trong năm; hoặc hoạt động với chức năng đơn giản, không khai thác tài sản vô hình, doanh thu dưới 200 tỷ đồng và đạt mức tỷ suất lợi nhuận tối thiểu theo quy định.
Ngoài ra, hồ sơ giao dịch liên kết cần được lập trước thời điểm quyết toán thuế TNDN hằng năm và phải sẵn sàng xuất trình trong vòng 30 ngày kể từ khi có yêu cầu của cơ quan thuế. Trường hợp có lý do chính đáng, thời gian này có thể được gia hạn thêm 15 ngày.
3. Rủi ro và mức xử phạt khi không lập hoặc kê khai sai hồ sơ giao dịch liên kết
Nếu không nộp đúng hạn các phụ lục giao dịch liên kết kèm theo hồ sơ quyết toán thuế, doanh nghiệp có thể bị xử phạt từ 8 đến 15 triệu đồng. Trường hợp khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp thì mức phạt lên đến 20% phần thuế bị thiếu, kể cả trong tình huống doanh nghiệp đã lập hồ sơ xác định giá thị trường.
Đáng lo ngại hơn, nếu cơ quan thuế xác định có dấu hiệu trốn thuế thông qua thao túng giá giao dịch liên kết, doanh nghiệp có thể bị áp dụng mức phạt nặng hơn nhiều, thậm chí bị ấn định thuế dựa trên tỷ suất lợi nhuận của công ty mẹ hoặc dữ liệu bí mật của cơ quan thuế.
4. Quy trình thanh tra, kiểm tra thuế về giao dịch liên kết
Bước 1: Kiểm tra tính tuân thủ
- Xác minh doanh nghiệp đã kê khai đầy đủ, chính xác các mẫu tờ khai liên quan đến giao dịch liên kết hay chưa.
- Đối chiếu sự nhất quán giữa các biểu mẫu kê khai (Mẫu 01, 02, 03, 04...).
- Kiểm tra tính đầy đủ của hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết.
Bước 2: Kiểm tra kết quả kinh doanh
- Phân tích lợi nhuận, doanh thu và tỷ suất sinh lời của doanh nghiệp.
- So sánh với khoảng giá thị trường (Comparable range).
- Nếu kết quả kinh doanh thấp hơn giá trị chuẩn, cơ quan thuế có thể tiến hành điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế.
Bước 3: Kiểm tra các giao dịch liên kết đặc thù
- Tập trung vào các giao dịch có giá trị lớn hoặc bản chất đặc biệt như:
- Phí bản quyền
- Phí dịch vụ nội bộ tập đoàn
- Chi phí lãi vay
- Yêu cầu cung cấp chứng từ, hợp đồng và bằng chứng chứng minh lợi ích kinh tế thực tế của các khoản thanh toán này.
Bước 4: Lập biên bản thanh tra
- Cơ quan thuế sẽ tổng hợp kết quả kiểm tra và đưa ra kết luận.
- Doanh nghiệp có quyền ghi rõ ý kiến nếu không đồng ý với nội dung biên bản.
- Đây là cơ sở để doanh nghiệp tiến hành thủ tục khiếu nại hoặc giải trình bổ sung nếu cần thiết.
Doanh nghiệp cần làm gì để giảm thiểu rủi ro?
Doanh nghiệp nên chủ động chuẩn bị trước thanh tra bằng cách kiểm tra kỹ các hồ sơ, cập nhật xu hướng thanh tra và kết quả kiểm tra các năm trước để điều chỉnh kịp thời. Trong quá trình thanh tra, cần cung cấp hồ sơ đầy đủ, giải trình chặt chẽ và đúng hạn. Sau thanh tra, nếu đồng thuận với kết luận, có thể dùng kết quả làm tài liệu tham chiếu cho năm sau. Nếu không đồng thuận, doanh nghiệp cần bảo lưu ý kiến và chuẩn bị hồ sơ khiếu nại hợp lý.
Giao dịch liên kết là một phần không thể thiếu trong môi trường kinh doanh hiện đại, đặc biệt với các doanh nghiệp có yếu tố nước ngoài. Tuy nhiên, đây cũng là lĩnh vực tiềm ẩn nhiều rủi ro nếu doanh nghiệp không tuân thủ đầy đủ các quy định pháp luật. Việc nắm rõ các nghị định mới nhất như Nghị định 20/2025/NĐ-CP, Nghị định 132/2020/NĐ-CP sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong việc lập hồ sơ, kê khai đúng, đủ, kịp thời, từ đó giảm thiểu nguy cơ bị xử phạt hoặc truy thu thuế trong các cuộc thanh tra, kiểm tra về sau.