Cụ thể, theo hướng dẫn tại Khoản 8 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC, Điểm 1 công văn số 8159/BTC-TCT ngày 18/6/2015, công văn số 17278/BTC-TCT ngày 20/11/2015, công văn số 743/BTC-TCHQ ngày 17/01/2017 của Bộ Tài chính, công văn số 1336/TXNK-CST ngày 24/4/2017 của Tổng cục Hải quan, thì:
Thiết bị, dụng cụ chuyên dùng trong y tế và các thiết bị, dụng cụ y tế khác nhập khẩu (không được nêu tên cụ thể tại khoản 8 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC và khoản 5 Điều 4 Thông tư số 83/2014/TT-BTC, không thuộc Danh mục trang thiết bị y tế được nhập khẩu theo giấy phép của Bộ Y tế ban hành kèm theo Thông tư số 24/2011/TT-BYT ngày 21/6/2011), phải có xác nhận của Bộ Y tế thì mới được áp dụng thuế suất thuế GTGT 5%.
Trường hợp một số mặt hàng không có văn bản xác nhận của Bộ Y tế, nhưng có mã số HS tại Biểu thuế GTGT ban hành kèm theo Thông tư 83/2014/TT-BTC ngày 26/6/2014 của Bộ Tài chính như: Các loại máy soi, chiếu, chụp dùng để khám, chữa bệnh; các thiết bị, dụng cụ chuyên dùng để mổ, điều trị vết thương, ô tô cứu thương; dụng cụ đo huyết áp, tim, mạch, dụng cụ truyền máu; bơm kim tiêm; dụng cụ phòng tránh thai; các dụng cụ, thiết bị chuyên dùng cho y tế khác thực hiện theo quy định tại Biểu thuế GTGT ban hành kèm theo Thông tư 83/2014/TT-BTC.
Để tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp nhập khẩu, cơ quan hải quan giải quyết thủ tục giải phóng hàng hóa khai là thiết bị, dụng cụ chuyên dùng cho y tế và áp dụng thuế GTGT 5% trên cơ sở văn bản cam kết và chịu trách nhiệm trước pháp luật, của doanh nghiệp về việc kê khai.
Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai nhập khẩu hàng hóa, doanh nghiệp có trách nhiệm nộp văn bản xác nhận của Bộ Y tế cho cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai nhập khẩu hàng hóa.
Quá thời hạn nêu trên doanh nghiệp chưa nộp văn bản xác nhận của Bộ Y tế thì thực hiện khai bổ sung hồ sơ hải quan với mức thuế suất thuế GTGT 10% và tính tiền chậm nộp từ ngày giải phóng hàng đến ngày doanh nghiệp nộp đủ tiền thuế theo quy định.
Trường hợp, doanh nghiệp đã nộp thuế GTGT 10% đối với hàng hóa là thiết bị, dụng cụ chuyên dùng cho y tế và có văn bản xác nhận của Bộ Y tế thì cơ quan hải quan xử lý tiền thuế nộp thừa cho doanh nghiệp theo quy định tại Điều 49 Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính.