Hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) là một trong những thủ tục quan trọng giúp doanh nghiệp thu hồi vốn nhanh chóng và hợp pháp. Trong năm 2025, chính sách hoàn thuế có nhiều điểm cập nhật quan trọng từ Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 (hiệu lực từ 01/07/2025) và các văn bản hướng dẫn hiện hành. Bài viết này tổng hợp đầy đủ các trường hợp được hoàn thuế, điều kiện, hồ sơ và quy trình giải quyết hoàn thuế để doanh nghiệp dễ dàng áp dụng.
1. Các trường hợp được hoàn thuế GTGT
Theo quy định tại Điều 13 Luật thuế GTGT cũ và Điều 15 của Luật số 48/2024/QH15, các trường hợp sau đây được hoàn thuế:
- Dự án đầu tư mới: Doanh nghiệp kê khai thuế theo phương pháp khấu trừ, đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động và có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên. Trừ khi dự án không đủ điều kiện, hoặc chưa góp đủ vốn điều lệ theo quy định.
- Hoạt động xuất khẩu: Doanh nghiệp có số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên. Số thuế được hoàn không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu.
- Dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại, chương trình viện trợ không thuộc ODA, hoặc viện trợ khẩn cấp cho thiên tai.
- Chuyển đổi loại hình doanh nghiệp: Các trường hợp chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, giải thể… có phát sinh số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết hoặc nộp thừa.
- Đối tượng được hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao và người nước ngoài/Việt kiều mua hàng tại Việt Nam mang theo khi xuất cảnh.
- Doanh nghiệp chỉ sản xuất – kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế 5%, nếu sau 12 tháng hoặc 4 quý liên tiếp có số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên.
2. Điều kiện để được hoàn thuế GTGT
Căn cứ theo Điều 19 Thông tư 219/2013/TT-BTC và Điều 15 Luật số 48/2024/QH15, doanh nghiệp cần đáp ứng các điều kiện sau:
- Áp dụng phương pháp khấu trừ thuế;
- Có đăng ký kinh doanh và tài khoản ngân hàng đúng mã số thuế;
- Sổ sách kế toán và chứng từ kế toán lập đúng chuẩn mực;
- Hóa đơn đầu vào hợp lệ, người bán đã kê khai và nộp thuế GTGT theo quy định;
- Hồ sơ hoàn thuế nộp đúng mẫu, đủ thành phần và đúng thời hạn.
3. Hồ sơ hoàn thuế GTGT
Theo Điều 28 Thông tư 80/2021/TT-BTC, hồ sơ hoàn thuế gồm:
- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước (Mẫu 01/ĐNHT);
- Bảng kê hóa đơn, chứng từ theo Mẫu 01-1/HT;
- Các chứng từ liên quan tùy theo từng trường hợp, ví dụ:
- Giấy phép đầu tư, giấy phép xây dựng, quyết định giao đất (dự án đầu tư);
- Hợp đồng xuất khẩu, tờ khai hải quan, chứng từ thanh toán (hàng xuất khẩu);
- Hợp đồng ủy thác xuất khẩu và biên bản đối chiếu (nếu có ủy thác);
- Thỏa thuận ODA, văn bản xác nhận viện trợ (trường hợp viện trợ, dự án ODA);
- Bảng kê thuế theo mẫu dành riêng cho viên chức ngoại giao (hoàn thuế ngoại giao).
4. Thời hạn và quy trình giải quyết hoàn thuế
Theo Điều 32 Thông tư 80/2021/TT-BTC và Điều 75 Luật Quản lý thuế 2019:
Thời hạn xử lý:
- 06 ngày làm việc với hồ sơ hoàn trước – kiểm sau.
- 40 ngày làm việc với hồ sơ kiểm tra trước khi hoàn.
Nếu quá thời hạn quy định mà cơ quan thuế chậm hoàn thuế do lỗi của mình, thì phải trả thêm tiền lãi 0,03%/ngày trên số tiền chậm hoàn.
Quy trình hoàn thuế:
- Doanh nghiệp nộp hồ sơ trực tiếp, qua bưu điện hoặc nộp điện tử.
- Cơ quan thuế tiếp nhận, phân loại và thông báo hồ sơ hợp lệ trong vòng 03 ngày làm việc.
- Nếu hồ sơ chưa đầy đủ, người nộp thuế được yêu cầu giải trình, bổ sung.
- Sau khi được chấp nhận, cơ quan thuế sẽ ban hành quyết định hoàn thuế và chuyển tiền hoàn vào tài khoản ngân hàng đã đăng ký, hoặc bù trừ công nợ thuế nếu có.
5. Nơi nộp hồ sơ và lưu ý sau hoàn
- Doanh nghiệp nộp hồ sơ hoàn thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp, nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính hoặc nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc.
- Sau khi hoàn thuế, cơ quan thuế có thể thanh tra, kiểm tra sau hoàn trong vòng 05 năm, theo nguyên tắc quản lý rủi ro thuế.
Chính sách hoàn thuế GTGT năm 2025 có nhiều điểm mới cần lưu ý, đặc biệt với các doanh nghiệp xuất khẩu, đầu tư dự án mới hoặc hoạt động trong lĩnh vực đặc thù. Việc hiểu rõ điều kiện, chuẩn bị đầy đủ hồ sơ và thực hiện đúng quy trình sẽ giúp doanh nghiệp nhận hoàn thuế nhanh chóng, tránh bị trả hồ sơ hoặc kéo dài thời gian xử lý. Đồng thời, doanh nghiệp cũng nên lưu giữ đầy đủ chứng từ để sẵn sàng cho các cuộc thanh tra sau hoàn thuế từ cơ quan quản lý.