Khấu Trừ VAT Đầu Vào Khi Thanh Toán Quá Hạn Hợp Đồng

Khấu trừ VAT đầu vào là vấn đề được nhiều doanh nghiệp đặc biệt quan tâm khi phát sinh tình huống thanh toán tiền hàng, tiền dịch vụ chậm hơn thời hạn ghi trong hợp đồng. Trong thực tế hoạt động sản xuất kinh doanh, việc thanh toán quá hạn do khó khăn dòng tiền, chờ quyết toán nội bộ hoặc phụ thuộc tiến độ đối tác là khá phổ biến, khiến nhiều doanh nghiệp băn khoăn liệu thuế GTGT đầu vào đã kê khai có còn được khấu trừ hay không, nhất là khi thời điểm thanh toán không trùng với kỳ kê khai thuế.

Theo Công văn số 5487/CT-CS ngày 25/11/2025, cơ quan thuế đã làm rõ nguyên tắc xử lý đối với các trường hợp trả chậm, trả góp và thanh toán quá hạn, qua đó xác định cụ thể điều kiện để khấu trừ VAT đầu vào đúng quy định, giúp doanh nghiệp có cơ sở pháp lý rõ ràng và hạn chế rủi ro khi quyết toán, thanh tra thuế.

Khấu trừ VAT đầu vào khi đến hạn thanh toán nhưng chưa có chứng từ không dùng tiền mặt

Khi đến thời hạn thanh toán theo hợp đồng mua bán hàng hóa, dịch vụ, nếu doanh nghiệp chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, thì việc khấu trừ VAT đầu vào cần được xử lý như sau:

• Áp dụng đối với hóa đơn có giá trị trên 5 triệu đồng (đã bao gồm VAT)
• Doanh nghiệp bắt buộc phải điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ trong kỳ phát sinh nghĩa vụ thanh toán

Việc điều chỉnh giảm VAT đầu vào trong trường hợp này là yêu cầu bắt buộc, nhằm đảm bảo điều kiện khấu trừ thuế GTGT theo quy định của pháp luật. Đây không phải là hình thức xử phạt, mà là biện pháp quản lý thuế để đảm bảo VAT đầu vào chỉ được khấu trừ khi đáp ứng đầy đủ điều kiện về thanh toán.

Trên thực tế, nhiều doanh nghiệp cho rằng chỉ cần thanh toán sau thì vẫn được khấu trừ VAT đầu vào, dẫn đến việc không điều chỉnh giảm đúng kỳ, từ đó phát sinh rủi ro bị loại VAT đầu vào khi thanh tra, kiểm tra thuế.

Khấu trừ lại VAT đầu vào khi doanh nghiệp thanh toán sau thời hạn

Sau khi đã thực hiện điều chỉnh giảm VAT đầu vào do chưa thanh toán đúng hạn, nếu doanh nghiệp thực hiện thanh toán bằng hình thức không dùng tiền mặt, phù hợp với Điều 26 Nghị định 181/2025, thì: Doanh nghiệp được kê khai khấu trừ lại VAT đầu vào đã điều chỉnh giảm trước đó.

Quy định này khẳng định rõ nguyên tắc quan trọng: Thanh toán quá hạn không làm mất vĩnh viễn quyền khấu trừ VAT đầu vào, miễn là doanh nghiệp thanh toán đúng hình thức và có đầy đủ chứng từ hợp lệ.

Tuy nhiên, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý thời điểm kê khai khấu trừ lại VAT đầu vào phải đúng kỳ phát sinh chứng từ thanh toán, tránh kê khai sai kỳ dẫn đến rủi ro bị truy thu và xử phạt thuế.

Các hình thức thanh toán không dùng tiền mặt để khấu trừ VAT đầu vào

Theo quy định hiện hành, các hình thức thanh toán không dùng tiền mặt được chấp nhận để làm căn cứ khấu trừ VAT đầu vào bao gồm:

• Chuyển khoản ngân hàng từ tài khoản bên mua sang tài khoản bên bán
  (không chấp nhận hình thức nộp tiền mặt vào tài khoản bên bán)
• Bù trừ công nợ hàng hóa, dịch vụ, phải có biên bản bù trừ công nợ thể hiện rõ số tiền, đối tượng và nội dung bù trừ
• Bù trừ công nợ vay, mượn tiền, kèm theo đầy đủ hồ sơ, hợp đồng và biên bản bù trừ
• Thanh toán ủy quyền qua bên thứ ba hợp pháp, có thỏa thuận rõ trong hợp đồng mua bán
• Thanh toán bằng cổ phiếu, trái phiếu theo quy định của pháp luật
• Người lao động thanh toán hộ, doanh nghiệp hoàn lại bằng hình thức không dùng tiền mặt
  (bắt buộc phải quy định rõ trong quy chế tài chính và thể hiện nội dung ủy quyền trong hợp đồng)

Việc thiếu hồ sơ, biên bản hoặc không thể hiện rõ bản chất giao dịch là nguyên nhân phổ biến khiến nhiều doanh nghiệp không được chấp nhận khấu trừ VAT đầu vào, dù thực tế đã phát sinh thanh toán.

>>> Xem thêm tại đây.

Các rủi ro thường gặp khi khấu trừ VAT đầu vào

Qua thực tiễn tư vấn và kiểm tra thuế, các rủi ro doanh nghiệp thường gặp liên quan đến khấu trừ VAT đầu vào gồm:

• Không theo dõi sát thời hạn thanh toán theo hợp đồng
• Không điều chỉnh giảm VAT đầu vào khi đến hạn nhưng chưa thanh toán
• Kê khai khấu trừ lại VAT sai kỳ
• Hồ sơ bù trừ công nợ, ủy quyền thanh toán không đầy đủ hoặc không rõ ràng

Những sai sót này có thể dẫn đến việc bị loại VAT đầu vào, truy thu thuế và phát sinh tiền chậm nộp khi quyết toán hoặc thanh tra thuế.

Lưu ý quan trọng để khấu trừ VAT đầu vào đúng quy định

Để đảm bảo quyền khấu trừ VAT đầu vào và hạn chế rủi ro về thuế GTGT, doanh nghiệp cần:

• Kiểm soát chặt thời hạn thanh toán theo hợp đồng
• Theo dõi đầy đủ việc điều chỉnh và khấu trừ lại VAT đầu vào đúng kỳ
• Lưu trữ đầy đủ chứng từ thanh toán, biên bản bù trừ, hồ sơ ủy quyền
• Rà soát quy chế tài chính và hợp đồng để phù hợp quy định hiện hành

Việc hiểu đúng và áp dụng đúng quy định không chỉ giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền khấu trừ VAT đầu vào, mà còn giảm thiểu đáng kể rủi ro khi làm việc với cơ quan thuế.

Checklist kiểm soát nhanh việc khấu trừ VAT đầu vào

Doanh nghiệp nên chủ động rà soát các nội dung sau:

• Hóa đơn có giá trị trên 5 triệu đồng hay không
• Đã đến hạn thanh toán theo hợp đồng chưa
• Đã có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt chưa
• Trường hợp chưa thanh toán đúng hạn, đã điều chỉnh giảm VAT đầu vào đúng kỳ chưa
• Sau khi thanh toán, đã kê khai khấu trừ lại VAT đầu vào đúng thời điểm chưa
• Hồ sơ bù trừ công nợ, ủy quyền thanh toán có đầy đủ căn cứ pháp lý hay không

Checklist này giúp doanh nghiệp chủ động phòng ngừa rủi ro, tránh bị loại VAT đầu vào khi quyết toán hoặc thanh tra thuế.

📌 TAVITAX – Giải pháp tư vấn thuế, kế toán và kiểm soát tuân thủ pháp lý, đồng hành cùng doanh nghiệp trong việc khấu trừ VAT đầu vào đúng quy định, rà soát chứng từ và tối ưu chi phí an toàn – đúng luật – bền vững.