“Kỳ tính thuế đang bị thanh tra có được khai bổ sung không?” là câu hỏi được rất nhiều doanh nghiệp tìm kiếm trong thời gian gần đây, đặc biệt kể từ khi Luật Quản lý thuế số 56/2024/QH15 chính thức có hiệu lực từ ngày 01/01/2025. Trên thực tế, không ít doanh nghiệp cho rằng chỉ cần còn trong thời hạn 10 năm thì vẫn được kê khai bổ sung hồ sơ khai thuế, kể cả khi đã bị thanh tra, kiểm tra.
Tuy nhiên, cách hiểu này chưa đầy đủ và tiềm ẩn rủi ro thuế rất lớn. Nội dung tại Công văn 3300/QNG-QLDN1 ngày 28/11/2025 của Thuế tỉnh Quảng Ngãi đã làm rõ giới hạn của quyền khai bổ sung, đặc biệt trong trường hợp kỳ tính thuế đã thuộc phạm vi thanh tra.
Cơ sở pháp lý về khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo Luật 56/2024/QH15
Theo Luật Quản lý thuế số 56/2024/QH15, người nộp thuế được quyền khai bổ sung hồ sơ khai thuế khi phát hiện sai sót, nhầm lẫn trong quá trình kê khai. Tuy nhiên, đây không phải là quyền tuyệt đối, mà bị giới hạn bởi các điều kiện pháp lý nhằm đảm bảo hiệu lực của công tác thanh tra, kiểm tra thuế.
Luật xác lập rõ hai nhóm điều kiện bắt buộc khi thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế, bao gồm: điều kiện về thời hạn và điều kiện về phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra.
Thời hạn được khai bổ sung hồ sơ khai thuế
Thời hạn 10 năm theo quy định mới: Kỳ tính thuế đang bị thanh tra không được khai bổ sung
Về thời gian, Luật 56/2024/QH15 cho phép người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm, kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót. Đây là điểm mới quan trọng, tạo điều kiện cho doanh nghiệp chủ động rà soát và điều chỉnh các sai sót trong quá khứ.
10 năm không có nghĩa là được khai bổ sung trong mọi trường hợp
Tuy nhiên, cần đặc biệt lưu ý rằng thời hạn 10 năm không đồng nghĩa với quyền khai bổ sung vô điều kiện. Doanh nghiệp chỉ được khai bổ sung khi đồng thời đáp ứng đầy đủ các điều kiện khác theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
>>> Xem thêm tại đây.
Điều kiện quan trọng: Thời điểm công bố quyết định thanh tra, kiểm tra
Phải khai bổ sung trước khi công bố quyết định thanh tra
Một trong những điều kiện then chốt là việc khai bổ sung phải được thực hiện trước thời điểm cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.
Khi chưa có quyết định thanh tra, kiểm tra, doanh nghiệp hoàn toàn có quyền rà soát, điều chỉnh và khai bổ sung hồ sơ khai thuế để khắc phục sai sót.
Sau khi công bố quyết định thanh tra, quyền khai bổ sung bị hạn chế
Kể từ thời điểm quyết định thanh tra, kiểm tra được công bố, quyền khai bổ sung hồ sơ khai thuế không còn được thực hiện một cách tùy ý, đặc biệt đối với các nội dung đã nằm trong phạm vi thanh tra.
Không được khai bổ sung đối với hồ sơ thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra
Luật 56/2024/QH15 và Công văn 3300/QNG-QLDN1 thống nhất nguyên tắc:
Người nộp thuế không được khai bổ sung hồ sơ khai thuế đối với các nội dung đã thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế.
Điều này có nghĩa là, dù cuộc thanh tra chưa kết thúc, nhưng chỉ cần nội dung đó đã thuộc phạm vi thanh tra thì doanh nghiệp không còn quyền chủ động khai bổ sung hồ sơ khai thuế liên quan.
Phân tích trường hợp cụ thể theo Công văn 3300/QNG-QLDN1
Theo nội dung hướng dẫn tại Công văn 3300/QNG-QLDN1 của Thuế tỉnh Quảng Ngãi, cơ quan thuế đã xem xét trường hợp của Công ty Cổ phần Xây dựng Đô thị và Khu công nghiệp liên quan đến hoạt động khai thác khoáng sản năm 2024.
Cơ quan thuế xác định rằng đoàn thanh tra đã tiến hành kiểm tra tình hình thực hiện nghĩa vụ tài chính của doanh nghiệp đối với hoạt động khai thác khoáng sản trong năm 2024. Nội dung này đã thuộc phạm vi và thời kỳ thanh tra theo quyết định thanh tra đã ban hành.
Vì vậy, kể từ thời điểm đoàn thanh tra tiến hành kiểm tra, doanh nghiệp không được kê khai bổ sung hồ sơ khai thuế liên quan đến hoạt động khai thác khoáng sản năm 2024, mặc dù vẫn còn trong thời hạn 10 năm theo quy định.
Vì sao pháp luật không cho khai bổ sung khi đã thuộc phạm vi thanh tra?
Quy định này nhằm ngăn ngừa các hành vi hợp thức hóa sai phạm sau khi doanh nghiệp đã biết rõ việc bị thanh tra, tránh làm sai lệch kết quả thanh tra và gây khó khăn cho cơ quan thuế trong việc xác định nghĩa vụ thuế thực tế.
Việc không cho phép khai bổ sung trong phạm vi thanh tra giúp đảm bảo tính minh bạch, công bằng và kỷ cương của pháp luật thuế.
Doanh nghiệp cần lưu ý gì để tránh rủi ro thuế?
Từ các quy định và thực tiễn áp dụng nêu trên, doanh nghiệp cần chủ động rà soát hồ sơ thuế định kỳ, thực hiện khai bổ sung ngay khi phát hiện sai sót, không chờ đến khi có quyết định thanh tra, kiểm tra.
Đồng thời, doanh nghiệp cần hiểu rõ phạm vi và thời kỳ thanh tra để tránh việc kê khai bổ sung sai thời điểm, dẫn đến hồ sơ không được chấp nhận và có thể bị đánh giá bất lợi trong quá trình thanh tra.
Kết luận
Tóm lại, kỳ tính thuế đang bị thanh tra sẽ không được khai bổ sung nếu nội dung khai bổ sung thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra đã được công bố. Công văn 3300/QNG-QLDN1 của Thuế tỉnh Quảng Ngãi là minh chứng rõ ràng cho cách áp dụng Luật Quản lý thuế 56/2024/QH15 trên thực tế.
Doanh nghiệp không nên trông chờ vào việc “khai bổ sung sau”, mà cần chủ động quản trị rủi ro thuế từ sớm, bởi khi đã bước vào giai đoạn thanh tra, quyền chủ động này gần như không còn.
Trong bối cảnh quy định thuế ngày càng siết chặt, đặc biệt với các nội dung liên quan đến khai bổ sung và thanh tra thuế, TAVITAX hỗ trợ doanh nghiệp rà soát hồ sơ, tư vấn phương án xử lý phù hợp pháp luật và xây dựng hệ thống quản trị thuế bền vững.